吕蒙在攻得荆州后，在城门祭拜的是 周瑜。以下是相关依据：

周瑜的心愿：

周瑜一生都渴望攻下荆州，并在未能实现这一愿望时表达了遗憾。吕蒙为了完成周瑜的遗愿，攻下了荆州，并在城门祭拜周瑜，以表敬意。

吕蒙与周瑜的关系：

吕蒙是周瑜的老部下，两人关系密切。周瑜对吕蒙有知遇之恩，吕蒙也对周瑜非常尊敬和怀念。因此，吕蒙在攻下荆州后，祭拜周瑜是合情合理的。

鲁肃的角色：

虽然鲁肃也提出过攻打荆州的想法，但他并没有直接参与攻取荆州的过程，且与吕蒙的关系不如周瑜密切。因此，吕蒙在祭拜时并未提及鲁肃。

综上所述，吕蒙在攻得荆州后，在城门祭拜的是周瑜，以完成周瑜的遗愿并表达对周瑜的敬意。