马相伯的思想主张主要包括以下几个方面：

政治改革与社会教育

从参与洋务开始，他主张“自上而下”的改革，并演变为“借鉴西学、发展军事”的政治主张。

他尊重科学，发展教育，最终提出“科教兴国、举办高教”的思想内核。

他倾向变革，追求民主，反对独裁和专制，并提出了基于神学基础的“神我宪政说”。

爱国与反侵略

他热爱祖国，热爱中国人民，反对外国侵略，最终提出“团结抗日、一致对外”的救国宣言。

在九·一八事变时，他发表《为日祸告国人书》，主张“立息内争，共御外侮”，并亲自挥毫作榜书、对联义卖，支援抗日义勇军。

教育救国

马相伯确定“自强之道，以作育人才为本，求才之道，尤宜以设立学堂为先”的路线，并捐出全部家产创办“中西大学堂”。

他主张教育独立，教育与政治、宗教分离，并倡导自主之学，提倡学生独立、管理自治、思想自由。

民主与共和

他吸取西方宪政学理论，对宪法所研究的国家和国体、政治和政体、国权和民权等问题进行了深入探讨，积极维护民主共和，倡导地方自治。

他认为国家兴亡，匹夫有责，强调民治主义，即无丝毫利用民财民力之心，为政府有，为政界之党有，及中外之说客有，浪人有，而惟以启发民智民德，使天下晓然于我黄农民族，自有降衷之恒心，与道德及立国之精神。

这些思想主张不仅反映了马相伯对国家和民族命运的深切关怀，也展现了他对现代教育和政治制度的深刻思考。他的这些观点对后世产生了深远的影响，特别是在教育救国和民主共和方面，为中国的现代化进程提供了重要的思想资源。