使用PE清除Windows Server 2008密码的步骤如下：

准备PE启动盘

准备一个大于4GB的空U盘，并使用PE系统镜像（如微PE工具箱）将其制作成启动盘。

设置BIOS

重启计算机，进入BIOS设置界面，将启动顺序设置为首先从U盘启动。

启动PE系统

保存BIOS设置并重启计算机，计算机将从U盘启动，进入PE系统。

修改SAM文件

在PE系统中，找到“系统根目录\Windows\System32\Config”文件夹，备份SAM文件（例如，重命名为SAM.bak）。

使用密码修改工具（如Ntpwedit）打开SAM文件，选择要修改密码的账户，并修改密码。

保存更改

修改完成后，保存更改并重启计算机，使更改生效。

验证密码

重启计算机，尝试使用新密码登录系统，验证是否成功。

请注意，修改系统密码涉及到系统安全，请确保在操作前备份重要数据，并确保你了解这些操作的影响。如果你不熟悉这些步骤，建议寻求专业人士的帮助。