是的，电影《阿甘正传》中最后出现的小孩确实是阿甘的儿子。尽管电影中存在一些关于孩子身世的疑问，但多个来源和情节都证实了这一点。

电影情节：

在电影的结尾部分，阿甘带着儿子回到了家乡，并且他们一起度过了幸福的时光。

角色对话：

阿甘曾经对珍妮说过：“you are my girl.”，并且他表现出愿意接受珍妮的全部，包括她的孩子。

角色行为：

阿甘和儿子之间有一些亲密无间的举动，比如同时歪头以及打乒乓球，这些行为显示出他们之间的默契，进一步证明了他们之间的血缘关系。

作者意图：

小说和电影的作者葛鲁姆明确表示，珍妮的孩子是阿甘的。

综上所述，可以肯定电影《阿甘正传》中最后出现的小孩是阿甘的儿子。