在《灰雀》这篇课文中，男孩低着头是因为他 捉走了灰雀而感到羞愧。以下是相关原文信息：

1. 男孩喜欢灰雀，所以把它捉起来了，但是听了列宁的话后明白了其中道理，所以羞愧的低着头。

2. 男孩低着头说明他知道自己以前做错了，他为自己做的错事感到羞愧。

3. 灰雀是被他捉走的，所以他才会羞愧。

综合以上信息，可以确定男孩低着头是因为他捉走了灰雀，并且后来意识到自己的错误而感到羞愧。