全真教的主要派别可以分为 七真派和 五祖派。

七真派

遇仙派：由宗祖马钰所创，主张清净修炼。

南无派：由宗祖谭处端所创。

随山派：由宗祖刘处玄所创。

龙门派：由宗祖丘处机所创，是全真教中影响最大、传承最广的支派之一。

嵛山派：由宗祖王处一所创。

华山派：由宗祖郝大通所创，注重内丹修炼与武术的结合。

清静派：由宗祖孙不二所创。

五祖派

少阳派：由宗祖王玄甫所创。

正阳派：由宗祖钟离权所创。

纯阳派：由宗祖吕洞宾所创。

刘祖派：由宗祖刘海蟾所创。

重阳派：由宗祖王重阳所创，张三丰开创的武当派也属于此派。

这些派别在历史上有不同的传承和发展，但都以全真教的核心思想为指导，即儒、佛、道三教合一，注重内丹修炼和道德修养。