当儿子在父亲节发来祝福短信时，可以采用以下几种方式回复：

表达感谢与欣慰

"谢谢你，我的儿子，你的祝福让我感到非常温暖和幸福。"

"收到你的祝福，倍感欣慰，也祝你健康平安快乐。"

肯定儿子的成长与孝顺

"谢谢你，儿子，你真的长大了，爸爸很幸福。"

"你长大了，孝顺了，爸爸很感动。"

分享家庭的幸福与期望

"这是爸爸收到的最好的礼物，谢谢你，我的儿子。"

"每一个孩子都是有父亲的，都是父母亲心中最美的宝贝。也祝孩子天天开心，快乐成长。"

传递爱与祝福

"谢谢你的祝福，我的儿子，我会一直爱你和珍惜你。"

"爸爸的幸福和快乐就源于你的听话孝顺，平安健康。"

激励与期望

"希望你身体强壮，快快长大，越长越可爱!"

"让理想为你的人生导航，让知识为你增添力量，做一个成功的人!"

这些回复既表达了对儿子的感激和骄傲，又传递了家庭的温暖和祝福，能够增进父子之间的情感联系。选择哪种回复方式可以根据个人喜好和具体情况来决定。