东华帝君和凤九不能在一起的原因主要有以下几点：

身份地位问题：

东华帝君是东王公的化生，是群仙之首，有着极高的身份地位。而凤九虽然身份尊贵，但相比之下还是有所不及。东华帝君作为天地共主，他的身份和地位注定了他不能与凤九自由相恋。

仙界与魔界的关系：

东华帝君和凤九分别属于仙界和魔界，两界之间存在着复杂的关系和恩怨，这些恩怨也影响了他们的感情。

保护凤九的责任：

东华帝君为了保护凤九，不得不隐藏自己的身份，这给两人的感情造成了很大的困扰。

三生石上的名字：

东华帝君在三生石上抹去了自己的名字，断掉了自己的姻缘，这是为了让自己没有弱点被敌人乘虚而入，也是为了天下苍生的安全。

天道惩罚：

东华帝君认为，如果他和凤九强行在一起，必然会受到天道的惩罚，甚至可能引发四海八荒的战祸。

牺牲与责任：

东华帝君为了天下苍生的和平和稳定，不惜牺牲自己的幸福，甚至让凤九选择重新投胎做人，自己则承担了所有的罪责。

综上所述，东华帝君和凤九不能在一起的原因是多方面的，包括身份地位、仙界与魔界的关系、保护凤九的责任、三生石上的名字、天道惩罚以及牺牲与责任等。这些因素共同作用，导致了他们最终无法走到一起。